Le Saint-Laurent, porte d'entrée maritime du Canada, coule sur plus de 3 800 km. Une partie est constituée d'eau douce, l'autre d'eau salée. Une partie subit l'effet des marées, l'autre non. À partir de ces caractéristiques physiques, on l'a divisé en quatre grandes zones. La première, les Grands Lacs, constitue le plus grand système d'eau douce au monde. La seconde zone, le fleuve, coule entre la fin du lac Ontario et la région de Trois-Rivières. L'eau y est douce mais les marées absentes. Ensuite, de la fin du lac St-Pierre jusqu'à Pointe-des-Monts, s'étend l'estuaire, influencé par les marées et de salinité variable. Au-delà, c'est le golfe, jusqu'à l'océan Atlantique.

Comme l'estuaire présente lui-même des particularités différentes le long de son parcours, on l'a subdivisé en trois sections. La première est constituée d'eau douce; c'est l'estuaire fluvial, de l'amont du lac St-Pierre jusqu'à la région de Montmagny. La seconde voit débuter l'influence de la salinité; l'eau saumâtre de l'estuaire moyen coule de Montmagny jusqu'au niveau du Saguenay. De là, et jusqu'au golfe, c'est l'estuaire maritime, véritable petite mer intérieure. Parce qu'ils ne tiennent compte que de la salinité dans leur définition de l'estuaire, certains océanographes considèrent que celui-ci débute tout simplement à Montmagny, pour se terminer à Pointe-des-Monts.

Après la salinité, la température de l'eau est l'aspect le plus "saisissant" de l'estuaire. Les amateurs de baignade n'y sont guère choyés, sauf en quelques rares sites très populaires, car la température moyenne de l'eau de surface y est plus près de 5 ⁰ C que des 15 ⁰ C rencontrés dans certaines parties du golfe St-Laurent.

En fait, tous les plaisanciers nautiques doivent considérer la température de l'eau comme facteur très important. En cas de naufrage, le corps humain ne peut résister longtemps à cette basse température, à moins d'être adéquatement protégé. Avis aux navigateurs!

Cette température de l'eau est principalement due à l'entrée dans l'estuaire des eaux froides de l'Atlantique nord. A son tour, la température de surface des eaux de l'estuaire influence grandement, le vent aidant, celle des régions côtières. Et de façon assez rafraîchissante, merci!

Par ailleurs, la salinité agit directement sur le point de congélation de l'eau. En effet, le sel abaissant ce point, on pourra rencontrer de l'eau liquide, et non glacée, à O et parfois même -2 ⁰ C! C'est ainsi que durant l'été, par le jeu de la densité et de la température, l'eau de surface pourra être à 10 ⁰ C, alors qu'elle sera de 0 ⁰ C à 20 m de profondeur et à 4 ⁰ C au fond...

La salinité exprime la quantité de sels dissous dans l'eau de mer. En face de Pointe-au-Père, elle est de 27 grammes par litre d'eau et de 29 gr/l dans le golfe. Cette salinité est surtout due aux composés du chlore, les chlorures. Et de ceux-ci, le chlorure de sodium (le sel de table) est le plus abondant. Il est principalement produit par la dissolution des roches volcaniques dans les océans. Que ce soit sous forme composée ou simple, on rencontre également dans l'eau de mer des concentrations variables de nitrates, de phosphates ainsi que différents métaux, comme le zinc, le cuivre et même de l'or...

Les minéraux contenus dans l'eau de mer sont à la base de toutes les pyramides alimentaires marines puisqu'ils servent de "carburant" aux producteurs de matière vivante, surtout les algues.

On l'a vu précédemment, la température froide des eaux de l'estuaire est d'abord due à l'apport de l'Atlantique. Cependant, le système des courants dans l'estuaire est encore plus complexe et très intéressant.

On peut établir de façon simplifiée les principaux courants de l'estuaire comme étant ceux-ci: le courant d'écoulement du fleuve, le chenal laurentien, le courant du Saguenay et des grandes rivières et enfin celui résultant des marées. Cette variété de courants marins et la configuration géographique particulière de l'estuaire et de ses rives produiront des phénomènes tels les courants en spirale et les courants inverses.

Rappelons-nous qu'à cause de sa densité plus grande, l'eau salée a tendance à se tenir sous l'eau douce lorsque les deux se rencontrent. A la marée montante, une formidable masse d'eau nous arrive de l'Atlantique, ce qui a pour effet de gonfler les eaux du fleuve. Cette eau étant plus dense que celle qu'elle croise dans l'estuaire, elle coulera donc en profondeur, vers l'amont (l'ouest), sous les eaux de surface du fleuve. Cette eau retrouvera par conséquent un courant qui coule dans le fond de l'estuaire vers l'amont, dans le sens contraire du courant d'écoulement normal du fleuve qui lui se dirige vers l'aval (l'est).

Le chenal laurentien se terminant vis-à-vis le Saguenay, ce courant inverse remontera vers la surface à cet endroit. Les éléments nutritifs qu'il transporte, mêlés à ceux du fleuve et du Saguenay, y produiront une importante concentration alimentaire. C'est en grande partie pourquoi on rencontre dans cette zone autant de baleines, attirées qu'elles sont par la vie animale qui y prolifère grâce à cet apport d'engrais naturels.

Le phénomène des marées est causé par une foule de facteurs, les principaux étant les forces d'attraction lunaire et solaire. Et même si elle est plus petite, c'est la lune qui exerce l'effet le plus évident, tout simplement parce qu'elle est plus près de nous que le soleil.

Le mouvement des marées suit donc la rotation de la lune, avec un léger décalage. À cause des curieux caprices des forces gravitationnelles, lorsque la marée est haute dans une région donnée (A), elle l'est également en son point opposé du globe (C). À ce moment, elle est basse aux points perpendiculaires (B et D).

L'amplitude des marées dépend beaucoup du relief des estuaires. Elle sera plus grande quand le montant doit s'engouffrer par exemple dans un fleuve ou une baie en entonnoir; c'est pourquoi les marées ont plus d'amplitude à Québec (5,8 m) qu'à Pointe-au-Père (3,4 m).

Mensuellement, les marées atteignent un maximum alors que le soleil et la lune sont l'un derrière l'autre en ligne avec la terre, leur attraction s'additionnant. Leurs maxima annuels coïncident avec les périodes d'équinoxes. Ce sont les marées d'automne et du printemps.