Une chaîne alimentaire typique est composée d'éléments inorganiques, de végétaux (les producteurs de matière vivante), d'herbivores et de carnivores (les consommateurs) ainsi que de décomposeurs (les recycleurs). Dans l'estuaire, ces végétaux sont surtout des algues , la plus grande partie étant microscopiques. Ces algues composent le phytoplancton, ou plancton végétal.

Comme tous les végétaux, ces algues microscopiques sont capables de transformer la matière non vivante (minéraux, gaz carbonique, etc.) en matière vivante, grâce à un processus chimique complexe qui utilise la lumière du soleil comme source énergétique: la photosynthèse.

Le phytoplancton comprend une foule de groupes d'algues qui eux-mêmes se divisent en une multitude d'espèces. Les Diatomées constituent le groupe majoritaire et elles croissent dans l'océan en quantités phénoménales. À titre d'exemple, prenons la chaîne alimentaire du Rorqual à bosse, une baleine à fanons de 30 tonnes qui fréquente l'estuaire. Cette chaîne comprend des minéraux, des Diatomées, de petites crevettes, des harengs et enfin la baleine elle-même, chaque maillon entrant dans l'alimentation du maillon suivant. Pour soutenir pendant une seule journée une telle baleine, à la fin de la chaîne, il aura fallu au début près de quatre (4) billions de Diatomées. Ce n'est qu'un exemple parmi tant d'autres!

Un autre groupe, les Dinoflagellés, est moins abondant mais a un impact très sérieux sur une activité très populaire et typique de notre région; la cueillette des mollusques. Une de ces algues, le "Protogoniaulax", sécrète une toxine, sorte de poison naturel. Les Myes (clams), Moules et Palourdes qui s'en nourrissent n'en sont pas incommodées comme tel, mais la toxine s'accumule dans leurs tissus (ex.: les muscles) et leur ingestion par les humains peut avoir des conséquences graves. Il est donc vital et légalement obligatoire de respecter les avis gouvernementaux relatifs à la cueillette des mollusques.

Certaines supportent bien d'être exposées à l'air libre, à marée basse. C'est le cas du Fucus (ou varech). D'autres exigeront au contraire une immersion permanente comme la Laitue de mer, ainsi nommée à cause de sa couleur verte et de la forme de ses fines "feuilles".

Selon leur emplacement sur le littoral, elles seront soumises à des variations plus ou moins grandes de salinité et de température. Elles doivent également lutter contre l'action des vagues qui cherchent à les détacher de leur support. C'est ainsi que l'on retrouve des Laminaires, ces longues algues en forme de lames, échouées sur la plage après une période de vent intense.

À cause des propriétés de plusieurs de leurs éléments, les algues ont été et sont encore utilisées à de nombreuses fins; comme engrais pour les cultures, colorant dans la peinture à l'eau, émulsifiant dans les dentifrices et cosmétiques, anticristallisant dans la crème glacée et certains artistes les emploient même comme matériaux de base pour des tableaux fort originaux!

Certaines de ces plantes poussent dans la zone de balancement des marées, non loin des algues, et doivent donc tolérer l'immersion régulière. C'est le cas de la Spartine, plante maritime typique et très productive, qui contribue grandement à faire des marais salés les milieux naturels les plus riches qui soient, à l'échelle de la planète! On retrouve également dans ces habitats la Salicorne, assaisonnement fortement iodé des dîners des navigateurs d'autrefois, de même que la Zostère marine (ou arboutarde), nourriture très recherchée par les bernaches et jadis récoltée dans la région de l'lsle-Verte pour le rembourrage des matelas.

La Lavande de mer, avec ses petites fleurs mauves, supporte très peu l'immersion; on la retrouvera donc souvent dans la partie haute de la batture. D'autres plantes ne seront jamais touchées par la mer mais toléreront l'air salin, comme le Persil de mer, au goût caractéristique, et le Pois de mer, aux fleurs violettes.

On pourra enfin rencontrer l'Iris versicolor, notre emblème floral officiel (depuis octobre 99), avec sa belle grande fleur mauve, et le Seigle de mer, qui indique aux arpenteurs la limite extrême de la marée et qui, tout comme la spartine, contribue grandement à la consolidation du littoral grâce à l'emprise de ses racines sur le sol.